|
|
Bipartitní grafy pro analýzu mikrobiomů
Šafárová, Marcela ; Provazník, Ivo (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Mikroorganismy se vyskytují ve velkém množství prakticky všude kolem nás. Některé přežívají dokonce i v našem těle a jsou nutné pro správné fungování organismu. Studium mikrobiálních společenstev na základě souboru jejich genetické informace se stalo velmi populární s rozvojem nových technologií umožňujících snadné čtení DNA či RNA. Klíčovou úlohou těchto studií je obvykle charakterizovat významné mikrobiální vzory prostředí. V současné době využívané vizualizační nástroje však mají pro takové analýzy mnoho nedostatků. Předmětem této práce je návrh R/Bioconductor balíčku pro tvorbu bipartitních grafů z mikrobiálních dat, které mají pro analýzu mikrobiomů mnoho výhod. Benefity této vizualizační metody jsou dále předvedeny na analýze hlavních parametrů ovlivňujících počítačové zpracování mikrobiálních dat.
|
|
|
Analysis Of Main Otu Picking Methods By Bipartite Graphs
Šafárová, Marcela
Studies of ecosystems containing millions of microbial organisms, so called microbiomes, using DNA sequencing became very popular. The main step involves fast clustering of sequences belonging to the same operational taxonomic units (OTU) that represent the same or taxonomically related organisms. This step, known as OTU picking, can be performed by several techniques and significantly affects the final interpretation of the data. In this paper, a novel R/Biconductor package for microbiome data presentation using bipartite graphs is introduced while its benefits are demonstrated during comparison of 3 OTU picking techniques.
|
|
|
Bipartitní grafy pro analýzu mikrobiomů
Šafárová, Marcela ; Provazník, Ivo (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Mikroorganismy se vyskytují ve velkém množství prakticky všude kolem nás. Některé přežívají dokonce i v našem těle a jsou nutné pro správné fungování organismu. Studium mikrobiálních společenstev na základě souboru jejich genetické informace se stalo velmi populární s rozvojem nových technologií umožňujících snadné čtení DNA či RNA. Klíčovou úlohou těchto studií je obvykle charakterizovat významné mikrobiální vzory prostředí. V současné době využívané vizualizační nástroje však mají pro takové analýzy mnoho nedostatků. Předmětem této práce je návrh R/Bioconductor balíčku pro tvorbu bipartitních grafů z mikrobiálních dat, které mají pro analýzu mikrobiomů mnoho výhod. Benefity této vizualizační metody jsou dále předvedeny na analýze hlavních parametrů ovlivňujících počítačové zpracování mikrobiálních dat.
|
|
| |
host ::
RSS.